Rötrester från biogasframställning bör inte användas på betesmarker, eftersom de kan innehålla sjukdomsalstrande bakterier. Elisabeth Bagge visar i sin doktorsavhandling vid SLU att om rötresten pastöriseras i 70 grader C under 60 min före anaerob, syrefri, rötning minskar halten av till exempel Salmonella spp.
De icke sporbildande bakterierna avdödades under pastöriseringen, men under transporten tillbaka till gårdarna återsmittades rötresten med Salmonella spp. Transportbilarna som körde avfallet till biogasanläggningarna, och som senare körde rötresterna, rengjordes inte tillräckligt emellan.
De sporbildande bakterierna påverkades inte av biogasprocessen.